Het Groothertogdom van Luxemburg telt zo’n 500.000 inwoners. Op een gemiddelde werkdag kruisen echter 150.000 mensen de grens om er te werken. Een behoorlijk hoog percentage van de originele bevolking en samen met twaalf andere studenten probeerden we dat percentage met een minutieuze fractie te verhogen op 11, 12 en 13 december. Op die dagen werd namelijk de BBC gehouden; het BeNeLux Bioinformatics Conference. Een aantal HBO-studenten van de drie bioinformatica-opleidingen in het land (Groningen, Nijmegen en Leiden) en een aantal Master-studenten verbonden aan het Centre for Molecular and Biomolecular Informatics (CMBI) van de Radboud Universiteit waren de uitverkorenen om af te reizen naar Luxemburg.
Wat doen bioinformatici zoal?
Voor diegene die de blogs van onze medestudenten hebben gemist en geen idee hebben wat bioinformatica inhoudt: bioinformatici proberen biologische problemen op te lossen met behulp van de computer. Waar conventionele biologen een wet lab hebben om experimenten in uit te voeren en hun pipet hun beste vriend is, hebben bioinformatici het zogenaamde dry lab en voeren ze experimenten in silico uit, in de computer. Een uitdagend veld, waarbij de hoeveelheid biologische data die over een gegeven periode vrijkomt veel harder stijgt dan de CPU-kracht van computers. Een veld waarin je kan werken om bijvoorbeeld het voorspellen van eiwitvouwing te verbeteren, DNA-mutaties probeert op te sporen in kinderen die beide ouders niet hebben (de novo mutaties) om zo mogelijk oorzakelijke mutaties voor een ziekte op te sporen, of bijvoorbeeld het hele hebben en houden van een bepaalde bacterie probeert te omschrijven. Al en meer van deze onderwerpen kwamen aan bod bij de BBC.
Over de moleculaire werkpaarden van organismen en meer…
De eerste dag van het congres werden we hartelijk onthaald en kregen als dank voor ons inschrijfgeld – dat we trouwens zelf niet hadden hoeven betalen – o.a. een fles wijn, een usb-stick en het nodige papierwerk. De dag begon goed met een erg boeiende lezing over eiwitten, de moleculaire werkpaarden van organismen. De man kon goed en enthousiast vertellen en had een leuk voorkomen, net Anthony Hopkins uit “The Mask of Zorro”. Niet alle praatjes die volgden waren, zoals te verwachten, even boeiend. Soms was het Engels moeilijk verstaanbaar, soms was het onderwerp te niche voor ons en daardoor te complex om te volgen, maar toch waren de meeste praatjes leuk en herkenbaar.
Herkenbaar in de zin dat de onderwerpen tijdens onze studie waren aangesneden of bijvoorbeeld tijdens stage. Zo was er een praatje over een tool die de inhoud van verschillende soorten databases verbindt: databases met eiwitten, ziekten, genen etc. De tool vergaart deze info (data mining) en vervolgens kan de gebruiker twee termen opzoeken om te kijken of en hoe deze termen in relatie tot elkaar staan. Zo kan een onderzoeker gemakkelijk bekijken of een gen en een ziekte met elkaar gerelateerd zijn en hoe deze gerelateerd zijn door een netwerk tussen dit gen en een ziekte te laten tekenen. Deze netwerken kunnen een beginpunt zijn voor vervolgonderzoek. Een dergelijk project hebben wij ook tijdens onze studie gedaan, alleen gebruikten we daarbij wetenschappelijke artikelen als databron. Relevante woorden – zoals ziekten, eiwitten, medicijnen - werden uit artikelen gehaald en gevisualiseerd in een netwerk om snel te bepalen of er een sterke relatie was tussen bepaalde woorden.
Ook het veld waarin Djie nu met zijn stage zit, werd besproken in één van de presentaties: epigenetica. Een veld dat zich ‘bovenop’ de genetica bevindt en bijvoorbeeld verklaringen biedt waarom individuen op een bepaald eigenschap verschillen terwijl ze genetisch hetzelfde zijn en leven onder gelijke omstandigheden.
Meer dan alleen presentaties
Naast presentaties, was er ook een leuk debat over waar bio-informatica nu staat, hoe de toekomst er uit gaat zien, welke technologieën belangrijk worden en hoe we beter kunnen samenwerken en communiceren naar niet-bioinformatici. Ook dingen als hoe om te gaan met het gebruik van gegevens van patiënten en cloud computing kwamen aan de orde.
Ook waren er vele posters op beide dagen van het congres aanwezig. Op zo’n poster staat in een notendop een project van een bepaalde onderzoeksgroep omschreven. Verder moeten we natuurlijk niet de vele drankjes en hapjes vergeten te melden. Verrassend was de warme lunch waar we niet op hadden gerekend en er telkens goed in ging.
Luxemburg, de stad
Luxemburg zelf was een mooie en gezellige stad in een glooiend landschap. Ons hostel zat gelukkig op loopafstand van het centrum. Daar maakte we elke avond dankbaar gebruik van en hoewel het nachtleven op zondag- en maandagavond niet heel bruisend te noemen is, hebben we ons prima vermaakt in de verschillende barretjes en lounges.
Al met al was het een leuke ervaring en zullen we het onze medestudenten aanraden als ze de kans hebben. Volgend jaar wordt de BBC, als we het goed hebben, in Rotterdam georganiseerd. Natuurlijk is dat minder leuk dan een trip naar Luxemburg, maar desondanks blijft het een aanrader.
Geschreven door: Koen Hendriks en Djie Tjwan Thung
Artikel geschreven door Djie Tjwan Thung.
